Metroid Fusion

Das Spiel beginnt damit, dass Samus Aran als Leibwächter für das Forschungsteam von Biologic auf dem Planeten SR388 fungiert. Schließlich konfrontiert sie ein Hornoad und wird von Samus getötet. Aus dem Hornoad tritt jedoch ein kugelförmiger gelber Organismus (ein X) hervor, der zerstört wird und in Samus' Körper eindringt.
Da Samus zunächst keine Wirkung verspürt, begleitet er die Forscher weiter und schließt den Auftrag ab. Auf dem Rückweg zum Labor verliert Samus jedoch das Bewusstsein und ihr Kampfhubschrauber stürzt in einen Asteroidengürtel. Die Notfallsysteme des Schiffes schleuderten Samus‘ Rettungskapsel automatisch aus und retteten sie so vor dem Absturz, doch ihr Kampfhubschrauber wurde völlig zerstört. Samus wird schnell von einem medizinischen Team betreut, das herausfindet, dass die Kreatur, die auf SR388 in ihren Körper eingedrungen ist, tatsächlich ein parasitärer Organismus war, den sie bald X nannten.

Samus infiziert 2
Samus, infiziert von den X-Parasiten.
Die organischen Bestandteile von Samus‘ Power Suit hatten sich so stark in ihren Körper integriert, dass er nicht entfernt werden konnte, während sie bewusstlos war. Große Teile ihres infizierten Anzugs mussten chirurgisch entfernt werden, was sein Aussehen dramatisch veränderte. Allerdings waren die X im Zentralnervensystem von Samus zu tief verankert, um sicher entfernt zu werden; Samus' Überlebenschancen lagen unter einem Prozent.
Metroids sind die einzigen bekannten Raubtiere des X; Da Samus jedoch in einer früheren Mission alle Metroids auf SR388 zerstörte, konnten sich die X ungehindert vermehren. Da sie darin den Schlüssel zu ihrer Heilung sahen, schlugen die Ärzte vor, eine Metroid-Zelle aus Samus‘ totem Baby Metroid zu verwenden, um einen Anti-X-Impfstoff herzustellen. Anscheinend war es der Föderation gelungen, eine Zellkultur des Babys zu bewahren, die Samus rettete, als sie ein zweites Mal auf Zebes war. Das Serum wurde zubereitet und ohne Verzögerung injiziert, wodurch das X vollständig ausgerottet wurde. Es gab jedoch zwei Nebenwirkungen: Samus konnte durch normales X nicht mehr verletzt werden und konnte es sogar absorbieren, um Gesundheit und Munition wieder aufzufüllen, aber sie erbte auch die Kälteanfälligkeit der Metroids.

Nach ihrer Genesung wird Samus geschickt, um eine Explosion auf der Forschungsstation der Biologic Space Laboratories zu untersuchen, wo die Proben von SR388 und die infizierten Teile ihres Power Suit aufbewahrt werden. Sobald sie auf der Station ankommt, macht sich Samus sofort auf den Weg zur Quarantänebucht, wo sie auf einen Hornoad trifft und ihn tötet, der von einem X-Parasiten infiziert wurde. Samus spricht mit dem Computer ihres neuen Kampfhubschraubers (den sie „Adam“ nennt, da er sie an einen ehemaligen CO erinnert) und erfährt, dass die vom Feldteam mitgebrachten Proben vom X infiziert wurden. Der Computer enthüllt auch, dass der X die DNA seiner Beute verwenden kann, um eine perfekte Kopie zu erstellen, was bedeutet, dass auch jedes organische Leben auf der Station infiziert sein kann.

SA-X 1
Der SA-X.
Während sie die Station weiter erkundet, entdeckt Samus, dass die X die infizierten Teile ihres Power Suit verwendet haben, um eine Kopie von Samus selbst zu erstellen, die SA-X (oder Samus Aran-X) genannt wird. Da der SA-X aus Samus‘ vollständig aufgerüstetem Power Suit hervorgegangen ist, verfügt er über alle ihre Power-Up-Fähigkeiten, was durch den Einsatz einer Power Bombe zur Flucht aus der Quarantänebucht bewiesen wird. Durch die Explosion der Bombe zerstörte die SA-X auch die Kapseln mit den X-Exemplaren und entließ sie alle in die Station. Während sie die Station untersucht, stößt Samus auf das eingeschränkte Labor der Einrichtung. Hier findet sie Dutzende neugeborene Metroids und mehrere weitere Metroids in verschiedenen Reifestadien, alle in Stasis; Dies waren die Ergebnisse eines Klonprojekts, von dem Samus zuvor nichts wusste. Kurz nachdem Samus sie entdeckt hat, versucht der SA-X, seine Raubtiere zu vernichten, doch sein Plan geht nach hinten los: Die Metroids befreien sich und die Notfallsicherungen werden daraufhin aktiviert. Samus entkommt knapp, bevor das Labor vollständig abgesperrt wird und von der Station abgeworfen wird, wobei er über SR388 explodiert.
Nach dem Vorfall im Restricted Lab spricht Samus mit dem Computer ihres Schiffs, der über die Entdeckung und anschließende Zerstörung der Metroids verärgert ist. Der Computer erklärt, dass die Föderation heimlich an einem Metroid-Zuchtprogramm für „friedliche Zwecke“ gearbeitet habe. Der Computer zeigt, dass die SRX-Umgebung der Station, eine Nachbildung des SR388-Ökosystems, ideal für die Aufzucht von Alpha-, Gamma-, Zeta- und sogar Omega-Metroids war. Die Forschung deckte Techniken für schnelles Wachstum auf, die es einem Säugling ermöglichen, in nur wenigen Tagen zu einem Omega-Metroid heranzuwachsen. Leider hatte der SA-X Samus aufgespürt und war ihr zum Standort des Labors gefolgt. Zu Samus‘ großer Überraschung erwähnt der Computer auch, dass sich die SA-X ungeschlechtlich vermehrt hat und dass sich nicht weniger als 10 an Bord der Station befinden.

Später teilt der Computer Samus mit, dass sie genug Schaden angerichtet hat und weist sie an, den Rest der Ermittlungen der Föderation zu überlassen. Anscheinend hat sich die Föderation für X und SA-X interessiert und glaubt, dass diese Lebensform endlose Anwendungsmöglichkeiten hat. Samus, der die zerstörerischen Fähigkeiten des SA-X aus erster Hand gesehen hat, ist strikt dagegen. Sie ist überzeugt, dass die X die Truppen der Föderation überwältigen werden, sobald sie landen, und dabei ihre Kräfte und ihr Wissen absorbieren werden. Wenn dies geschieht, könnten sie sich leicht in der gesamten Galaxie ausbreiten und „die galaktische Zivilisation wird enden“.

Als Alternative beschließt Samus, den Selbstzerstörungsmechanismus der Station zu aktivieren, um das X zu zerstören, und riskiert dabei ihr eigenes Leben. Allerdings hat der Computer ihres Schiffes Samus in einem Navigationsraum eingesperrt, da die Föderation angeordnet hat, sie bis zu ihrer Ankunft festzuhalten. Verzweifelt schreit Samus den Computer an: „Lass sie das nicht tun. Kannst du nicht sehen, was passieren wird, Adam?“ Der Computer ist verwirrt über die Verwendung des Namens und fragt, wer dieser Adam sei. Samus verrät, dass er ihr früherer kommandierender Offizier gewesen war und gestorben war, um ihr das Leben zu retten. Anscheinend bewegt von Samus' Enthüllung stimmt der Computer dem Plan zu und schlägt vor, dass Samus, wenn sie die Umlaufbahn der Station ändern würde, den Planeten möglicherweise in die Explosion einbeziehen und so die Zerstörung des X auf dem Planeten SR388 sowie derjenigen auf der Station sicherstellen könnte. An diesem Punkt erkennt Samus, dass der Computer ihres Schiffes tatsächlich Adam Malkovich ist, dessen Persönlichkeit vor seinem Tod auf einen Computer hochgeladen wurde.

Samus eilt zum Operationssaal, wo sie mit einem SA-X konfrontiert wird. Sie schafft es, es zu besiegen, aber sein Core-X entkommt, bevor sie es absorbieren kann. Samus ignoriert seine Flucht, leitet die Selbstzerstörungssequenz ein und eilt zurück zu ihrem Schiff. Sie findet jedoch die Andockbucht in Trümmern und ihr Schiff verschwunden. Bevor sie auf die Situation reagieren kann, erscheint ein Omega-Metroid, der offenbar vor seiner Zerstörung aus dem Restricted Lab entkommen war und in Rekordzeit seine volle Größe erreicht hat. Samus besitzt keine Waffe, die dem Metroid Schaden zufügen könnte, und ein einziger Schlag mit seiner Klaue reduziert ihre Energiereserven auf eine Einheit. Während sich der Omega-Metroid darauf vorbereitet, sie zu erledigen, kehrt der SA-X zurück und greift den Metroid mit seinem Eisstrahl an, wodurch er verletzt wird. Allerdings wurde es durch den Kampf mit Samus stark geschwächt und wird schnell vom Metroid besiegt. Diesmal schwebt der Core-X über Samus, sodass sie ihn absorbieren und den „Unnamed Suit“ sowie den Ice Beam erhalten und ihren genetischen Zustand auf den Zustand vor der Impfung wiederherstellen kann. Mit ihren wiedergewonnenen Fähigkeiten kämpft und tötet Samus nach einem erbitterten Kampf den Omega Metroid. Nach der Schlacht fährt Samus‘ Schiff wieder in die Bucht ein, nachdem es vom Computer Adam und denselben Etecoons und Dachoras gesteuert wurde, die sie bei der vorherigen Mission nach Zebes und später auf dem Habitation Deck gerettet hatte.

Als Samus die Station verlässt, wird gezeigt, wie sie mit SR388 zusammenstößt, dabei sowohl die Station als auch den Planeten zerstört und das Universum für immer vom X befreit.

Als Samus über ihre Taten nachdenkt, bezweifelt sie, dass die Leute verstehen werden, warum sie das Samus glaubt, dass sie dafür verantwortlich gemacht wird, dass sie sich der Föderation widersetzt, aber Adam tröstet sie und sagt zu ihr: „Mach dir keine Sorgen. Einer von ihnen wird es verstehen. Einer von ihnen muss es tun.“ Als letzte Überlegung führt Samus weiter aus: „Wir sind alle an unsere Erfahrungen gebunden. Sie sind die Grenzen unseres Bewusstseins. Aber am Ende wird die menschliche Seele jemals nach der Wahrheit greifen … Das hat Adam mir beigebracht.“